有不少藥物能通過影響生殖器官的形成、發育與干擾性腺及性功能，或改變精液質量等不同環節的作用，而損害人體生殖功能，故對有關藥物的毒副反應，不可掉以輕心。
 
    抑制性腺功能的藥物　如治療胃及十二指腸球部潰瘍的西咪替丁(泰胃美)、雷尼替丁與鎮靜藥安定(地西泮)及降血壓藥利血平、利尿藥雙氫克尿塞(氫氯噻嗪)等，能增高血中泌乳素的水平，從而抑制性腺功能。又如腎上腺皮質激素可干擾性腺功能，而抑制排卵與生精作用，導致女子閉經、男子生精障礙或陽痿。

    引起性功能障礙的藥物　如鎮靜藥安定(地西泮)、降血壓藥甲多巴、抗心律失常藥心得安(普萘洛爾)、抗抑郁藥丙咪嗪等，均可降低性欲，甚而引起陽痿而影響生育。

    降低精液質量的藥物　如解熱鎮痛藥阿司匹林(乙酰水楊酸)、消炎痛(吲哚美辛)等，通過抑制前列腺素的合成而影響精液質量。消炎痛還可致少精子或無精子癥。又如潑尼松龍可致精液缺乏癥。甲狀腺粉會使女性停止排卵。

    影響胎兒生殖器官發育的藥物　孕婦在妊娠早期，若應用己烯雌酚(人工合成的雌激素)或雄性激素睪丸酮等性激素，它們會干擾胎兒性腺、生殖器官的發育及外陰的分化。將會使女嬰發生生殖器官畸形，以后會有月經功能障礙、不良妊娠或不孕癥，以及患乳腺癌、陰道癌、子宮內膜癌等，死亡率很高。其中己烯雌酚還可發生男性女性化，出現陰莖短小、尿道下裂，附睪、睪丸和精子異常，甚至引起腦積水、腦脊膜膨出等，從而導致性功能障礙和生育力低下。

    直接損害性腺的藥物　主要是抗腫瘤藥物，如白消安(馬利蘭)會促使男性睪丸萎縮和女性閉經；環磷酰胺(癌得星)、甲氨蝶呤會引起睪丸的曲細精管萎縮、精子生成發生障礙，導致以后發生精子與精液缺乏癥；秋水仙堿可招致精子缺乏癥。若育齡婦女常用此類藥物，可發生卵巢萎縮、卵母細胞或卵子缺乏，以致月經不調，或者閉經，提早絕經，發生不孕癥。另外，男子若長時間使用柳氮磺胺吡啶會造成精液缺乏、精子減少癥。