國家已明確建立甲型H1N1流感疫苗接種的“叫停”機制。發現以下情形之一時，縣級疾病預防控制機構應向同級衛生行政部門報告，縣級衛生行政部門應立即通報縣級食品藥品監督機構，并做出暫停相關疫苗接種的決定，同時向上級衛生行政部門報告:

　　--疑似預防接種異常反應發生率高于預期或呈明顯聚集性分布;

　　--出現格林巴利綜合征及其他嚴重神經系統疾患;

　　--出現死亡、殘疾等嚴重事件;

　　--發生群體性反應或對社會有重大影響的事件。

　　地市級衛生行政部門應立即組織由流行病學、免疫規劃、藥品不良反應監測、臨床等領域醫生組成的醫生組，對縣級衛生行政部門上報的疑似預防接種異常反應相關資料進行調查論證。對于不能排除疫苗質量問題，或異常反應發生率明顯高于預期，或無法做出結論的，應向省級衛生行政部門提出叫停接種的建議，并向同級食品藥品監管部門通報。對于認定為預防接種實施差錯及偶合癥或心因性反應的，應及時撤消暫停，并妥善處理。

　　省級衛生行政部門應組織省級醫生組對地市級衛生行政部門報送的材料進行調查論證，并做出叫停接種或撤消暫停接種的決定。處理結果應及時向衛生部報告，同時向國家食品藥品監管局通報。衛生部視情將有關疫苗接種叫停信息向全國通報，并組織醫生對各地調查處理工作提供技術支持。