第一，目前臨床使用的抗病毒藥物，都不能直接進入到肝細胞核內，無法徹底清除發生在肝細胞核的病毒復制繁殖，由于無法完全清除導致肝病發生的病毒源，所以單靠抗病毒手段從理論上看，很難徹底治愈病毒性肝病。
         第二，由于抗病毒藥物的抗病毒目的不能完全達到，病毒仍然或多或少的在繁殖、并在損傷肝臟，所以肝臟仍然處在或快或慢的進行性損傷進展狀態。這種狀態的日久持續和遷延，必然會導致肝臟功能和結構的日漸衰竭和損傷。
         第三，目前抗病毒藥物的價格都比較昂貴，加之不能徹底清除病毒，療程長，病情容易反復，所以患者的醫療費用非常巨大，這對患者個人，社會都是一個非常嚴峻的考驗。