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        當“大三陽”患者的機體免疫功能被激活時，免疫系統能識別出乙肝病毒的抗原物質和受病毒感染的肝細胞并出現清除病毒的反應，這是機體的一種自身保護反應。其結果是大量病毒被清除，而同時受感染的肝細胞也遭到破壞，轉氨酶升高，有時還會有膽紅素的升高(即黃疸)。但這種清除常常是不徹底的，對于非復制狀態的病毒常常不能殺死而呈潛伏狀態。當機體免疫力下降時，病毒又重新開始復制，感染新的肝細胞，并導致新一輪的免疫攻擊。如此反復清除、破壞，再清除、再破壞的過程，就是慢性肝炎發展的過程。隨著血液中病毒的清除，血清中抗-HBe出現，HBeAg消失，也就從“大三陽”轉成了“小三陽”。由此可見，能從“大三陽”轉成“小三陽”，對大部分的乙型肝炎病人（感染變異病毒者除外）來說象征著體內病毒復制的下降，病毒數量的減少，有時血液中甚至檢測不到病毒。
　　雖然“大三陽”或“小三陽”與肝臟損傷的嚴重程度不直接相關，但病毒減少時受感染的肝細胞會減少，免疫反應和肝損傷也會減輕，因此我們在治療中總希望能將“大三陽”轉成“小三陽”，使病毒的復制下降到最低水平，這樣對病人是十分有利的。