多胎妊娠：為了提高妊娠成功率，醫生移植的數目通常都大于一個，這就存在多胎妊娠的危險。也許患者希望多胎，但多胎妊娠會增加許多風險：如妊娠高血壓綜合癥、流產、死產、早產和低體重兒等。另外，多胎也會給父母帶來經濟上，體力上和情感上的負擔，這些問題會抵消為人父母的快樂。治療不育的目的是為了獲得孩子，為了母嬰健康，避免多胎，首先要減少移植胚胎的個數，通常不超過3個。如發生多胎可通過減胎技術將胚胎減少至1-2個。

    卵巢過度刺激癥：在取卵后約1周左右，有少許患者出現以下癥狀：在臨床上會表現腹脹、腹水（甚至胸水）、卵巢增大、胃腸道不適、少尿等癥狀，一旦妊娠該癥狀會持續二個多月才逐漸消除，這種病人術后禁止使用HCG安胎，并要密切和醫生聯系。該現象多見于多囊卵巢患者以及一些對藥物敏感的人，這種人有幾十個卵泡同時發育。